Le décret n° 2017-97 du 26 janvier 2017 fixe les modalités de mise en œuvre de la protection fonctionnelle et précise les conditions de prise en charge des frais et honoraires d'avocat exposés par les agents publics ou anciens fonctionnaires ou leurs ayants droit dans le cadre des instances civiles ou pénales. 

La décision de prise en charge au titre de la protection fonctionnelle indique les faits au titre desquels la protection est accordée. Elle précise les modalités d'organisation de la protection, notamment sa durée qui peut être celle de l'instance. L'agent communique à la collectivité publique le nom de l'avocat, qu'il a librement choisi, et la convention conclue avec lui au titre de l'article 10 de la loi du 31 décembre 1971. Sans préjudice de cette convention conclue entre l'avocat et l'agent, la collectivité publique peut conclure une convention avec l'avocat désigné ou accepté par le demandeur et, le cas échéant, avec le demandeur. La convention détermine le montant des honoraires pris en charge selon un tarif horaire ou un forfait, déterminés notamment en fonction des difficultés de l'affaire. Elle fixe les modalités selon lesquelles les autres frais, débours et émoluments sont pris en charge.